Η διάρκεια των σπουδών στο Τ.Ε.Φ.Α.Α. είναι τουλάχιστον οκτώ εξάμηνα. Τα μαθήματα είναι εξαμηνιαία και κάθε εξάμηνο αποτελείται από 13 εβδομάδες διδασκαλίας. Τα 4 πρώτα εξάμηνα είναι κοινά για όλους τους φοιτητές του Τμήματος, με εξαίρεση την επιλογή 4 πρακτικών μαθημάτων (από μια λίστα 14 μαθημάτων). Στη διάρκεια του 5ου και 6ου εξαμήνου οι φοιτητές έχουν τη δυνατότητα να επιλέξουν ένα πρακτικό μάθημα εμβάθυνσης, ενώ παράλληλα παρακολουθούν έξι μαθήματα φροντιστηριακού τύπου, εκ των οποίων τα τρία στη δέσμη της Κλινικής Κινησιολογίας και τα τρία στη δέσμη της Βιολογίας της Άσκησης. Επίσης, στα συγκεκριμένα εξάμηνα οι φοιτητές υποχρεούνται να κάνουν και την πρακτική τους άσκηση στα σχολεία. Στις αρχές του 4ου έτους (7ο και 8ο εξάμηνο) οι φοιτητές επιλέγουν και παρακολουθούν μία μονοετή ειδίκευση (8ώρες/βδομάδα), δύο μαθήματα από τη δέσμη των «παιδαγωγικών» μαθημάτων (από την οποία δέσμη πρέπει οπωσδήποτε να επιλέξουν το μάθημα «Παιδαγωγική Ψυχολογία» αν τους ενδιαφέρει η κατοχύρωση της αυτόματης παιδαγωγικής επάρκειας εντός του πλαισίου των προπτυχιακών σπουδών), 2 μαθήματα από τη δέσμη των μαθημάτων «άσκηση για προαγωγή της υγείας» και 4 μαθήματα από μια λίστα 11 θεωρητικών επιλογών. Τέλος, ο/η φοιτητής/ήτρια που επιλέγει να εκπονήσει διπλωματική εργασία απαλλάσσεται από μία τέτοια επιλογή και επομένως υποχρεούται να παρακολουθήσει – εκτός από τη διπλωματική εργασία - 2 επιλεγόμενα θεωρητικά μαθήματα.

Από την άποψη του τρόπου διδασκαλίας, ένα μάθημα μπορεί να είναι θεωρητικό, πρακτικό, εργαστηριακό-φροντιστηριακό ή συνδυασμός των παραπάνω. Μάθημα, στο οποίο δεν πραγματοποιήθηκαν τουλάχιστον τα 2/3 των ωρών διδασκαλίας, θεωρείται ότι δε διδάχθηκε. Η παρακολούθηση των ειδικεύσεων, των μαθημάτων εμβάθυνσης, των φροντιστηριακών μαθημάτων των μαθημάτων επιλογής και κάθε μαθήματος που έχει πρακτικό ή εργαστηριακό χαρακτήρα είναι υποχρεωτική. Σε αυτά τα μαθήματα ο/η φοιτητής/ήτρια έχει δικαίωμα να απουσιάσει το πολύ μέχρι 30% του συνόλου των ωρών διδασκαλίας, ενώ ο/η φοιτητής/ήτρια που είναι αθλητής/ήτρια, μέλος εθνικών ομάδων, το πολύ μέχρι 40% με βεβαίωση συμμετοχής σε διεθνείς αγώνες, θεωρημένη από τη Γ.Γ.Α. Στην πρακτική στα σχολεία ο/η φοιτητής/ήτρια έχει δικαίωμα να απουσιάσει το πολύ μέχρι 10% του συνόλου των ωρών διδασκαλίας.