Τα Πανεπιστημιακά Τμήματα διαιρούνται σε Τομείς, οι οποίοι συντονίζουν τη διδασκαλία ενός μέρους της επιστήμης κάθε Τμήματος. Σκοπός των τομέων είναι ο συντονισμός της διδασκαλίας και η εκπλήρωση των εκπαιδευτικών και ερευνητικών αναγκών συγκεκριμένων γνωστικών αντικειμένων.

Στο ΤΕΦΑΑ Σερρών υπάρχουν οι ακόλουθοι άτυποι τομείς: Τομέας Βιολογίας της 'Aσκησης και Αθλητιατρικής Τομέας Αγωνιστικών Αθλημάτων Τομέας Αναψυχής και Φυσικής Αγωγής.